
Potensi tersebut didukung oleh sarana dan prasarana yang memadai seperti pabrik keragenan rumput laut, pelabuhan laut, serta aksesibilitas dan pelabuhan udara. Disamping itu, telah terbangunnya dan termanfaatkannya Tempat Pelelangan Ikan (TPI), Cold Storage dan Stasiun Pengisian Bahan Bakar bagi Nelayan (SPBN) dalam satu kawasan, serta didukung oleh pembangunan kampung nelayan melalui Rumah Susun Sederhana Sewa (Rusunawa), menjadi kawasan tersebut sebagai pusat pengembangan perikanan terpadu. Dalam rangka penguatan SDM di bidang perikanan dan kelautan, pemerintah kota juga telah membangun sebuah sekolah kejuruan yang memiliki kosentrasi di bidang kelautan, yaitu SMKN Nautika dan Kelautan Pulau Makasar.
Hasil produksi perikanan laut pada tahun 2008 mengalami sedikit penurunan dibandingkan dengan tahun 2007 sebesar 6,74%. Dimana untuk perikanan tahun 2007 sebanyak 8.979 Ton sedangkan pada tahun 2008 sebanyak 8.374 Ton.
Budidaya Rumput Laut

Wilayah pengembangan budidaya rumput laut di Kota Bau-Bau tersebar pada berbagai kelurahan yang terlektak di daerah pesisir, yaitu Kelurahan Palabusa, Kalia-Lia, Kolese dan Lowu-Lowu (Kecamatan Bungi), Kelurahan Lakologou, Waruruma, Sukanaeyo dan Liwuto (Kecamatan Kokalukuna), Kelurahan Nganganaumala, Wameo, Tarafu dan Bone-Bone (Kecamatan Murhum), Kelurahan Katobengke, Lipu dan Sulaa (Kecamatan Betoambari). Luas areal perairan yang dapat dimanfaatkan bagi pengembangan budidaya rumput laut berkisar 960 Ha di sepanjang garis pantai potensial, yaitu sekitar 23 Km untuk Kecamatan Bungi dan Kokalukuna, dan sekitar 9 Km untuk Kecamatan Murhum dan Betoambari. Namun demikian, hingga tahun 2007 lahan perairan yang dimanfaatkan sekitar 111,6 Ha.
Jenis rumput laut yang dikembangkan terbatas pada Euchema Cottoni dan Euchema Spinosum. Pelaksanaan budidaya masih dilakukan secara tradisional, yaitu penyebaran bibit pada bentangan tali pada permukaan air dengan menggunakan rakit apung yang terbuat dari bambu, dengan masa pemeliharaan hingga panen sekitar 40-45 hati. Perkembangan produksi rumput laut dalam tiga tahun terakhir cenderung mengalami peningkatan. Data perdagangan antar pulau Kota Bau-Bau menunjukkan bahwa subsektor perikanan memberikan konstribusi sebesar Rp. 35.515.917.500 atau 48,23% dari total nilai perdagangan sebesar Rp. 73.647.270.835. Sementara itu, komoditi rumput laut memberikan sumbangan terbesar dibandingkan 66 komoditi subsektor perikanan lainnya, yaitu sebesar Rp. 12.988.100 (36,57%).
Ada dua jenis budidaya mutiara yang kini di budidayakan dan berkembang di Kota Bau-Bau, yaitu Pinctada Maxima yang menghasilkan mutiara bundar (Round Pearl) dan jenis Pteria Penqu yang menghasilkan mutiara blister (Haft Pearl). Jenis Pinctada Maxima diusahakan oleh PT. Tiara Indo Pea, sebuah perusahaan PMA dari Jepang. Sedangkan jenis Pteria Penqu selain diusahakan oleh perusahaan nasional (CV. Selat Buton) juga banyak dibudidayakan oleh para petani setempat.